La meditación Zen no es sistema terapéutico en el sentido habitual de este término. No es una gimnasia física ni mental y su función no es la de curar enfermedades específicas, ni físicas ni psicológicas. La principal función de la práctica de la meditación Zen es encontrar el equilibrio que genera un estado de profundo bienestar interior y exterior. Sencillamente, nos sentimos bien, nos sentimos sanos.
Cuando se producen cambios importantes en nuestra conciencia, estos cambios de manifiestan inmediatamente en nuestro cuerpo y en nuestra manera de experimentar las emociones, de pensar y de concebir la realidad.
En nuestro cerebro el hemisferio izquierdo es la sede de las funciones verbales e intelectuales; asegura la vida del ego intelectual y social. El hemisferio derecho tiene a su cargo los aspectos emocionales y los no verbales. A través de éste, el cuerpo siente las leyes naturales. Es importante que nuestra conciencia no esté manipulada por la preeminencia de un solo lado del cerebro. Durante la Meditación Zen se produce, naturalmente, la integración funcional de ambos hemisferios facilitada por la postura corporal del loto y una respiración adecuada. Aquello que es captado intuitivamente (hemisferio derecho) se vuelve consciente en el hemisferio izquierdo.
Este estado es la vuelta a nuestra condición normal, no es ni un estado particular de la conciencia ni un estado místico extraño. Practicar la Meditación Zen es estar más allá de la ilusión y de la santidad. Este equilibrio en el que todo se da «al mismo tiempo» genera un estado de profundo bienestar interior y exterior. Sencillamente, nos sentimos bien, nos sentimos sanos.